Siaran Pers

untuk mempercepat analisis genom dan sekuensi klinis berskala besar

Macrogen gunakan DRAGEN dari Edico Genome

Administrator | Sabtu, 16 Januari 2016 - 01:54:46 WIB | dibaca: 1019 pembaca

SEOUL, Korea Selatan dan SAN DIEGO, 11 Januari 2016 (Antara/PRNewswire/Parahyangan Post) -- Macrogen, pemimpin dunia di dalam penyediaan layanan sekuensi genom, dan Edico Genome, hari ini mengumumkan kalau Macrogen telah memilih DRAGEN™ Bio-IT Processors dari Edico Genome untuk memperkuat kapabilitas pengolahan big data dan kapasitas analisis  genom dan sekuensi klinis berskala besar. Macrogen memiliki sejumlah fasilitas sekuensi generasi selanjutnya (NGS) yang berkelas dunia, yang dilengkapi dengan sistem sekuensi Illumina's HiSeq™ X Ten, HiSeq 2000, HiSeq 2500, HiSeq 4000 and MiSeq®; sistem Thermo Fisher's Ion PGM™ and Ion Proton™; sistem Roche's GS-FLX; dan peralatan PacBio. Sedangkan kapasitas penyimpanan IT Macrogen mencapai lebih dari 11 petabyte dan lebih dari 3000 cluster inti. Dengan menggunakan DRAGEN, Macrogen dapat menganalisa tiap genom (30x pencakupan) yang dihasilkan oleh sistem sekuensi HiSeq X Ten mereka hanya dalam waktu 26 menit, sekaligus menjaga tingkat sensivitas dan spesifisitas yang tinggi. Kapabilitas analisis ini mencakup konversi dari BCL, berkas yang dihantarkan oleh perangkat sekuensi, ke berbagai format panggilan (VCF).

 

Logo - http://photos.prnewswire.com/prnh/20140716/127788

 

Macrogen menyediakan berbagai layanan analisis genom, termasuk layanan sekuensi genom seluruh tubuh berskala besar dan berbasis platform HiSeq X Ten, yang juga dikenal sebagai X-Genome (Xpressway to Genome). Macrogen Corp (AS), anak perusahaan Macrogen, kini menyediakan layanan perawatan kesehatan berbasis sekuensi klinis untuk kalangan dokter dan pasien melalui Laboratorium Klinisnya yang telah bersertifikasi CLIA. Lebih jauh lagi, Macrogen berencana untuk meluncurkan lini bisnis informasi dan konten perawatan kesehatan dengan menggunakan big data genomik yang diperoleh dari Asian Genome Project dan jaringan genom globalnya.

 

"Selain kapasitas yang kami miliki untuk menghasilkan lebih dari 500 GB data NGS per hari dengan menggunakan rangkaian platform NGS kami, kemampuan untuk mempercepat analisis big data juga tentunya akan memungkinkan kami untuk mengoperasikan berbagai fasilitas NGS kami dalam skala yang maksimal dan lebih jauh meningkatkan kepuasan konsumen kami," ujar chairman dan pendiri Macrogen, Dr. Jeong-Sun Seo. "Setelah mengevaluasi beberapa opsi analisis data, kami mendapati kemampuan DRAGEN untuk menghemat waktu yang sangat optimal, selain mampu menekan biaya infrastruktur secara bersamaan dan menjaga akurasi yang tinggi, menjadi solusi terbaik yang dapat kami tawarkan kepada para konsumen kami yang sedang berupaya untuk meningkatkan pengobatan dan riset genomik yang dipersonalisasikan."

 

DRAGEN adalah teknologi pengolah pertama di dunia yang dirancang untuk menganalisa data NGS. Teknologi ini terintegrasi pada kartu PCIe dan tersedia dalam bentuk server prakonfigurasi, sehingga melancarkan integrasi menjadi alur kerja bioinformatika.

 

"Sebagai salah satu pusat sekuensi terbesar di dunia dan organisasi komersial pertama yang menawarkan genome senilai 1000 dolar, Macrogen adalah pemimpin sejati di bidang genomik dan terus membuktikan diri dengan secara konsisten menyediakan berbagai teknologi tercanggih kepada para konsumen mereka," ungkap CEO Edico Genome, Pieter van Rooyen, Ph.D. "DRAGEN dirancang untuk mengolah big data yang diperoleh oleh perangkat sekuensi high-throuhgput dengan cepat, hemat biaya, dan akurat, dan kami sudah tidak sabar untuk dapat bekerjasama dengan Macrogen untuk mengimplementasikan DRAGEN di seluruh fasilitas kami dan menawarkan beragam manfaat Bio-IT Processor kami kepada 17.000 pelanggan mereka di seluruh dunia."

 

DRAGEN baru-baru ini berhasil memecahkan rekor diagnosis selama 26 jam terhadap bayi baru lahir yang menderita penyakit kritis dengan menggunakan sekuensi genom menyeluruh sekaligus meraih sensitivitas dan spesifisitas sebesar 99,5 persen, dimana hasilnya dipublikasi di Genome Medicine. Sejak saat itu, kapabilitas genome DRAGEN telah lebih jauh ditingkatkan untuk mampu menganalisa seluruh genom, dari BCL ke VCF, hanya dalam waktu 26 menit.

 

DRAGEN sangat dapat dikonfigurasi ulang, dengan menggunakan field-programmable gate array (FPGA) untuk menyediakan berbagai pengimplementasian algoritma pipeline genom yang dipercepat, seperti konversi, kompresi, pemetaan, penyesuaian, penyortiran, penandaan duplikat, dan haplotype variant calling BCL. Platform DRAGEN yang fleksibel memungkinkan Edico untuk mengembangkan algoritma mereka sendiri serta menyempurnakan dan meningkatkanpipeline genom yang sudah ada. Versi terbaru akan disediakan untuk konsumen melalui berkas yang dapat diunduh.

 

Tentang Macrogen

Macrogen, Inc. (http://www.macrogen.com), berpusat di Seoul, Korea Selatan, adalah penyedia layanan analisis gen berkualitas tinggi dan terus tumbuh menjadi yang terbesar dan terbaik di dunia sejak didirikan pada 1997. Lini penawaran perusahaan ini meliputi sekuensi DNA, sekuensi generasi selanjutnya, analisis microarrayoligonucleotide synthesis, dan berbagai layanan perekayasaan genetik tikus. Selain itu, Macrogen juga telah memperluas cakupan bisnisnya ke area lain seperti diagnosa molekular dan genomik konsumen. Macrogen beroperasi hampir di seluruh dunia. Di AS, Macrogen beroperasi melalui anak perusahaannya di Rockville, New York, dan Cambridge; di Belanda di Eropa; dan di Tokyo, Jepang. Saham Macrogen diperdagangkan di Korea Securities Dealers Automated Quotation (simbol ticker: A038290).

 

Tentang Edico Genome

Edico Genome adalah pencipta prosesor bioinformatik pertama di dunia yang dirancang untuk menganalisa data sekuensi generasi selanjutnya, DRAGEN™. Pertumbuhan penggunaan teknologi sekuensi generasi selanjutnya sangat pesat, sehingga melahirkan besarnya kebutuhan akan teknologi yang dapat mengolah big data dengan cepat dan akurat. Platform komputasi Edico Genome telah terbukti dapat mempercepat analisis data genom dari yang sebelumnya membutuhkan waktu berjam-jam menjadi hitungan menit saja, sekaligus menjaga tingkat akurasi dan menghemat biaya, sehingga memungkinkan para dokter dan peneliti untuk  mengungkap jawaban lebih cepat. Untuk informasi lebih lanjut, kunjungi www.EdicoGenome.com atau ikuti @EdicoGenome.

Editor: PR Wire










Komentar Via Website : 0


Nama

Email

Komentar



Masukkan 6 kode diatas)